กองทุนพัฒนาระบบสถาบันการเงินเฉพาะกิจ (กองทุน) ถูกตั้งขึ้นเพื่อสนับสนุนให้สถาบันการเงินเฉพาะกิจของรัฐสามารถเป็นเสาหลักในการดำเนินการตามพันธกิจทางด้านการให้บริการทางการเงินแก่ประชาชนผู้มีรายได้น้อย ซึ่งการมีอยู่ของกองทุนจะเป็นการลดการพึ่งพิงเงินงบประมาณจากภาครัฐของสถาบันการเงินเฉพาะกิจในอนาคต นอกจากนี้ กระทรวงการคลังยังสามารถใช้กองทุนเป็นเครื่องมือในการรับมือกับวิกฤติของภาคการเงินในอนาคตได้ เพื่อประโยชน์ในการสร้างเสถียรภาพให้กับระบบการเงินรวมของประเทศ ดังนั้น เพื่อให้กองทุนมีแนวทางในการดำเนินงานให้บรรลุตามวัตถุประสงค์ในการจัดตั้งและเพื่อให้บุคลากรของกองทุนมีเป้าหมาย แนวทาง และยุทธศาสตร์ในการดำเนินงานในอีก ๕ ปีข้างหน้า ที่ชัดเจนและตอบสนองต่อวัตถุประสงค์ของกองทุน กองทุนจึงได้มีการจัดทำแผนยุทธศาสตร์กองทุน ประจำปีงบประมาณ  ๒๕๖๑ – ๒๕๖๕ โดยกำหนดวิสัยทัศน์ พันธกิจ และยุทธศาสตร์ของกองทุนที่สอดคล้องกับวัตถุประสงค์การจัดตั้ง และสภาพแวดล้อมที่อาจส่งผลกระทบต่อการดำเนินงานทั้งภายในและภายนอกองค์กร รวมทั้งจัดทำแผนปฏิบัติการกองทุน ประจำปีงบประมาณ ๒๕๖๑ โดยกำหนดโครงการหรือแผนงานให้สอดคล้องกับแผนยุทธศาสตร์กองทุน เพื่อนำมาใช้ในการกำหนดแผนงานและงบประมาณ